MSDEの製品にはEnterprise Managerが付属しないため、リンクサーバーの設定はストアドプロシージャを使います。

リンクサーバーの登録は、
sp_addlinkedserver
ストアドプロシージャを使います。

例えばAccessのMDBデータベースに対してリンクサーバーを設定する方法は、

exec sp_addlinkedserver
'NORTH_LINK_SRV' ,
'Jet 4.0' ,
'Microsoft.Jet.OLEDB.4.0',
'C:\TEST\Northwind.mdb'

と実行します。

エクセルのデータシートに対してリンクサーバーを設定する方法は、

exec sp_addlinkedserver
'顧客XLS' ,
'Jet 4.0' ,
'Microsoft.Jet.OLEDB.4.0',
'D:\TEST\TEST.XLS' ,
NULL ,
'Excel 8.0'
のように、行います。

一方リンクサーバーを削除する場合は、

exec sp_dropserver '顧客XLS'

のように、sp_dropserverストアドプロシージャを使います。